Wie oben erwähnt, ist versteinertes Holz ein fossiler Abdruck des Baumes oder der Pflanze. Der Prozess der Versteinerung oder Versteinerung kann mehrere Millionen Jahre dauern.
Die Versteinerung eines Baumes oder einer Pflanze findet in einer geschlossenen Umgebung statt. Oft liegt dies zum Beispiel unter Schlamm oder Vulkanasche, auch Sediment genannt. Die Entstehung von versteinertem Holz geschieht, weil der Baum oder die Pflanze langsam zerfällt und Wasser mit Mineralien seinen Platz einnimmt. Da sich der Baum unter dem Sediment befindet, geschieht dies um ein Vielfaches langsamer als normal. Quarz ist im Allgemeinen das Mineral, das für die Versteinerung sorgt. Bei vulkanischer Aktivität, wie beispielsweise in Indonesien, stammt dieser Quarz größtenteils aus der Vulkanasche. Dieser Quarz löst sich im heißen Thermalwasser auf und nimmt langsam den Platz des Baumes ein. Sie haben also tatsächlich einen mineralisierten Abdruck der Stelle, an der sich der Baum oder die Pflanze befand.